现在常见有三种基因沉默的工具，siRNA、shRNA质粒和shRNA慢病毒颗粒，它们都可以有效敲降基因表达，那么这三种之间有什么区别呢？该选择哪一个呢？

A、SiRNA的结构  B、ShRNA的结构

SiRNA是大约21个核苷酸（nt）构成的双链RNA，具有高度的序列特异性，细胞转染后可引发相应的mRNA快速降解，但持续时间较短。

短发夹RNA(shRNA) 通过载体（质粒或病毒）转染到细胞内，在细胞内转录生成shRNA，利用细胞内的Dicer酶，生成相应的siRNA，发挥RNAi作用。其中病毒感染细胞的效率较高，解决了质粒对于某些细胞类型（例如原代细胞和分裂较少的细胞）转染效率低的问题。

图：SiRNA介导的基因沉默机制

shRNA比siRNA的作用更稳定、持久，高效，并且能选择启动子控制shRNA的表达，能够与报告基因共表达，还能减少脱靶效应。但SiRNA操作更简便、起效迅速。

siRNA和shRNA之间进行选择时，要考虑的一个重要因素是实验时间的长短。siRNA在细胞中瞬时表达的，通常在3-5天内进行检测，而shRNA可以通过病毒或质粒介导的转染保持稳定。稳定转染的细胞常通过嘌呤霉素进行筛选，干扰的持续时间更久。而对于半衰期较长的基因表达产物来说，ShRNA是唯一选择。

为确保RNA干扰（RNAi）处理后观察到的效应是基因沉默的结果，而不是仅仅因为引入的siRNA/shRNA，别忘了设置相应的对照组。

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